一、毛细管柱固定液的选择
1. 如果不知道使用何种固定相，可以从非极性柱或弱极性柱如SE-30或SE-54开始试用，如效果不好，再按极性渐强的顺序选用中等极性直至高极性柱逐一尝试，直到有较令人满意的分析结果即可确定适用的柱极性。
2. 低流失(“ms”)色谱柱通常更为惰性，有更高的温度上限,适用于MS检测器。
3. 使用能够提供满意的分离度和分析时间的极性zui小的固定相，非极性固定相比极性固定相具有更长的寿命。
4. 要使用和被分析物极性相近的固定相，使用这一选择方法常常是有效的，但是使用这一方法并不总是能找到的固定相。
5. 如果被分离混合物具有不同的偶极或氢键力，改变使用具有不同偶极或氢键力(不一定要更大)的固定相后，会出现其他共流出物，所以新的固定相不一定提供更好的总分离度。
6. 如果可能，要避免使用含有能使选择性检测器产生高响应值功能团的固定相，例如含有氰丙基的固定相，用NPD会产生不成比例地增大基线高度(由于柱流失)的现象。
7. PLOT柱用于在高于室温的柱温下来分析气体样品。
二、毛细管柱内径的选择
理论上，柱效率与半径平方成反比，半径越小分离效果越好，可是半径越小，色谱柱的使用困难越多，如要求仪器的灵敏度高、时间常数小、死体积小以及柱前压大等。而柱内径大则处理量大，但柱内径过大，将导致柱内径不能均匀的分布在色谱柱中。通常使用的毛细管柱内径可分为：0.53 mm、0.32mm、0.25mm和0.20mm 0.53mm ：具有近似填充柱的负荷量，总柱效则远远超过填充柱。当达到同样的分离度时，0.53mm大口径柱的分析时间明显快于填充柱，可方便的采用柱上进样或直接进样技术，适合于分析不太复杂的样品，是填充柱理想的替代柱。 0.32mm： 柱效稍低于0.25mm常规柱，负荷量大于常规柱的60%，用特制注射针可做柱上进样。 0.25mm ：zui常用的内径规格。有较高的柱效，负荷量较低，必须分流进样或无分流进样。用于复杂多组份样品分析。0.20mm 柱效高,负荷量低，流失较小，适合与质谱等灵敏检测器联用。
三、毛细管柱长度的选择
理论上，柱长越长，总柱效越高，可改善分离能力，短则组分馏出的快些。只有当分析样品十分复杂时，才需要选择长柱，柱越长，分析时间也越长，一般分离度增加一倍，柱长必须增长4倍。5—12m 短柱：分离少于10个组份（不包含难分离物质对）的简单样品。25—30m 中长柱：分离10—50个组份的样品。 50m 长柱：分离大于50个组份或包含有难分离物质对的复杂样品。
四、液膜厚度的选择
选择适当的液膜厚度就像选择适当长度一样重要，恰当的膜厚可以使组分得到更好的分离。0. 1—0. 2μm 薄液膜低负荷量，高温下流失较小，适合于高沸点化合物的分析，适于配高灵敏检测器。 0.25—0.33μm 标准液厚 一般商品柱的标准液膜。 0.5—5.0μm 厚液膜 较高的样品负荷量，在高温下流失较大，适于分析低沸点样品
