气相色谱仪对于环境的要求不是特别高，通常在室温下在5-35℃之间运行就没什么问题。然而，对环境湿度的要求比较的高一点，需要在20％和85％之间使用比较合适。在高湿度区域，当使用某些类型的气相色谱仪的氢火焰离子化检测器时，由于高湿度，放大器的绝缘性能降低。如果以高灵敏度运行，响应将减少。如果分析操作人员在使用气相色谱仪时遇到上述现象，就应采取必要的措施。
气相色谱仪的预防性维护的目的是在色谱仪发生故障之前检测和处理可能导致故障的因素，从而避免由此导致的测试失败。气相色谱仪的预防性维护通常涉及频繁擦拭仪器表面。定期更换色谱仪进样口隔垫、衬里、注射器，定期老化色谱柱，并定期清洁进样口、检测器等。
气相色谱仪要按照其使用说明书放置仪器，并将相关的塞子放入阀座。接地线应牢固接地。将气相色谱柱连接到气路，检查气相色谱仪是否有泄漏，熟悉高压气瓶的使用。打开总压力阀调节减压阀（使压力达到2×10Pa）调节调压阀和针阀使载气流量达到要求。
将气相色谱柱加热至所需温度，将注射器加热至略高于样品组分的高沸点的温度。加热校准器，使其温度与柱温相同或稍高。不要降低气相色谱仪色谱柱温度以防止样品蒸气冷凝污染评估器。
